Dès 628, Munzir ibn Sawa Al Tamimi, le souverain chrétien de la région d’Al-Hassa (qui comprenait la péninsule du Qatar) adopte l’islam. Seuls quelques sites de cette période islamique précoce ont été identifiés, suggérant que la péninsule était peu peuplée à cette époque. Durant la période omeyyade, entre le VIIe et le milieu du VIIIe siècle de notre ère, le Qatar devient un centre d’élevage de chameaux et de chevaux. Le règne des Abbassides (du VIIIe au XIIIe siècle de notre ère) a vu l’essor de la perliculture le long des riches bancs de perles des eaux marines du Qatar. Des vestiges archéologiques de la fin de la période omeyyade ont été découverts à Yoghbi, dans le nord-ouest du pays, tandis que des vestiges du début de la période abbasside, aux IXe et Xe siècles de notre ère, ont été découverts à Murwab, non loin de là, comprenant 250 maisons, deux mosquées et une demeure fortifiée. Outre Murwab, un certain nombre de sites de la période abbasside ont été identifiés dans le nord du Qatar, à l’intérieur des terres.

On dispose de peu d’informations sur l’histoire du Golfe entre le Xe et le XVe siècle, bien que les principaux regroupements de populations semblent avoir eu lieu sur la rive iranienne de la région. Au Qatar, les sites archéologiques de Ruwayda et Freyha, situés sur la côte nord-ouest, sont restés habités jusqu’au XVIIIe siècle.  

En 1497, le voyage entrepris par l’explorateur portugais Vasco de Gama vers l’Inde via le cap de Bonne-Espérance établit une route maritime européenne vers l’Orient, permettant aux Européens d’instaurer pour la première fois des bases commerciales permanentes dans la région du Golfe. Au cours du XVIe siècle et au début du XVIIe siècle, le territoire comprenant l’actuel Qatar fut disputé par les Ottomans, les Safavides et les Portugais. L’une des premières cartes mentionnant le Qatar était une version de la carte de Ptolémée (exposée à la bibliothèque nationale du Qatar) représentant « Katara » comme un fort. Les voyageurs portugais ont fait référence au Qatar dans les années 1580 et 1590, en le représentant sous la forme d’un seul fort dans l’Atlas mondial de Luis Lazaro de 1596. Les principales références au Qatar se retrouvent après 1602, lorsque les Portugais ont perdu Bahreïn au profit des Safavides. Après cette date, les Portugais ont utilisé le Qatar comme base pour effectuer des raids sur Bahreïn et pour taxer les marchands voyageant dans le Golfe.  Les fouilles menées à Ruwayda ont révélé une fortification portugaise qui pourrait être la même que celle mentionnée par les sources portugaises.

La plus ancienne référence ottomane au Qatar remonte à 1555, époque où l’on considérait qu’il faisait partie de la province ottomane d’Al-Hassa, occupée dans les années 1550. Une grande rivalité a opposé les Portugais et les Ottomans au cours du XVIe siècle, notamment autour de Bahreïn, que les Portugais ont occupé entre 1521 et 1602.  Toutefois, dans les années 1670, le cheikh de la tribu des Bani Khalid a expulsé les Ottomans d’Al-Hassa, éliminant probablement toute présence ottomane du Qatar.

À cette époque, le Qatar a vu naître de nombreuses entités tribales telles que les Bani Khalid, qui régnaient sur une bande de terre s’étendant du Qatar au Koweït, et la tribu Al-Mussalam, prédominante sur la péninsule du Qatar depuis le XVIe siècle. Parmi les autres tribus connues pour avoir vécu dans la région avant le XVIIIe siècle, on peut citer les Al-Naim ou Al-Hawala, une confédération tribale d’Arabes marins de la rive iranienne du Golfe. Au XVIIIe siècle, le Koweït, le Qatar et Bahreïn furent occupés par des membres de la confédération tribale Bani Utbah, composée des Al-Sabah, Al-Khalifa, Al-Fadhil et Al-Jalahimah. Bien qu’originaires d’Arabie centrale pour la plupart, ces groupes ont tous, à un moment donné, adopté le bateau comme principal moyen de transport.

Même si les preuves archéologiques et historiques de leur existence sont assez maigres, certains sites sont connus pour avoir été occupés au XVIIe siècle. À la fin du XVIIIe siècle, on trouve de nombreux vestiges, en particulier sur la côte nord de la péninsule du Qatar. L’un des changements majeurs du XVIIIe siècle est la quasi-disparition de la population portugaise au profit de marchands arrivant tout droit des Pays-Bas, de France et d’Angleterre. Bien que ces nations soient présentes dans le Golfe au XVIIe siècle, la rivalité s’est accrue au cours du siècle, pour aboutir à un quasi-monopole britannique au début du XIXe siècle ; une situation marquant les fondements de l’histoire moderne du Qatar.