Ya en el 628 e. c., Mundhir bin Sawa Al Tamini, el gobernante cristiano de la región de Al Hasa que incluía a la península de Catar, se convirtió al islam. Solo se han identificado unos pocos yacimientos de este período islámico temprano, lo que sugiere que la península estaba poco poblada en estos tiempos. Durante el período Umayyad, entre el siglo VII y mediados del VIII e. c., Catar se convirtió en un centro de cría de camellos y caballos. El reino de los Abbasids (del siglo VIII al XIII e. c.) presenció el crecimiento de la industria de la perla en los fértiles bancos de las aguas marinas de Catar. También se descubrieron restos arqueológicos de finales del período Umayyad en Yoghbi, al noroeste de Catar, y restos de principios del período Abbasid de los siglos IX y X e. c. en la cercana Murwab; 250 casas, dos mezquitas y una mansión fortificada. Además de Murwab, se han descubierto varios yacimientos más del período Abbasid al norte de Catar ubicados en el interior.

Hay muy poca información disponible sobre la historia de la región del Golfo entre los siglos X y XV e. c., aunque los principales centros de asentamiento parecen haber estado en la parte iraní del Golfo. En Catar, se han localizado dos yacimientos arqueológicos de este período en Ruwayda y Freyha, en la costa noroeste, que permanecieron habitados hasta el siglo XVIII e. c.  

En 1497, el viaje a la India a través del cabo de Buena Esperanza del explorador portugués Vasco de Gama estableció una ruta marítima europea hacia Oriente. Esto permitió a los europeos fijar bases comerciales permanentes en el Golfo por primera vez. Durante el siglo XVI y principios del XVII, otomanos, safávidas y portugueses se disputaron el territorio que es, hoy en día, el Catar moderno. Uno de los primeros mapas que incluyó a Catar fue una versión del mapa de Ptolomeo (exhibido en la Biblioteca Nacional de Catar) que mostraba “Catara” como un fuerte. Los viajeros portugueses hablaron de Catar durante las décadas de 1580 y 1590, y existe una representación de Catar como un único fuerte en el atlas mundial de Luis Lázaro de 1596. Las principales referencias a Catar pueden encontrarse después de 1602, cuando los portugueses perdieron Baréin contra los safávidas. Después de esta fecha, los portugueses usaron Catar como base para saquear Baréin, así como para imponer impuestos a los mercaderes que viajaban por el Golfo.  Las excavaciones de Ruwayda revelaron una fortificación portuguesa que podría ser la misma mencionada por las fuentes lusas.

La referencia otomana más antigua de Catar data de 1555, en la que Catar se considera parte de la provincia otomana de Al Hasa, ocupada en la década de 1550. Hubo una gran rivalidad entre los portugueses y los otomanos durante el siglo XVI, en especial, en lo concerniente a Baréin, que los portugueses ocuparon entre 1521 y 1602.  No obstante, en la década de 1670, el jeque de la tribu Banu Khalid expulsó a los otomanos de Al Hasa, lo que probablemente eliminó toda presencia otomana de Catar.

En este punto, Catar fue testigo del nacimiento de muchas entidades tribales, como los Bani Khalid, que gobernaron una franja de terreno que se extendía por Catar y Kuwait.  La tribu Al-Musslam fue el grupo tribal predominante en la península de Catar desde, al menos, el siglo XVI. Otras tribus que se sabe que vivieron en la región antes del siglo XVIII incluían a los Al-Naim o los Al-Hawala, una confederación tribal de árabes marineros del lado iraní del Golfo. En el siglo XVIII, miembros de la confederación tribal Utub, que incluía varios grupos tribales como Al-Sabah, Al-Khalifa, Al-Fadhil y Al-Jalahimah, tomaron el control de Kuwait, Catar y Baréin. Aunque la mayoría de grupos en la Utub eran originarios de Arabia central, en algún momento, se volvieron marinos y adoptaron el barco como medio de transporte principal.

Se sabe que unos cuantos yacimientos del siglo XVII estuvieron habitados, aunque las pruebas históricas y arqueológicas de su existencia son bastante escasas. Al final del siglo XVIII, existió una amplia red de asentamientos, en especial, a lo largo de la costa norte de la península de Catar. Uno de los cambios más significativos en el siglo XVIII fue la desaparición prácticamente total de la población portuguesa y la llegada de comerciantes de los Países Bajos, Francia e Inglaterra. Aunque estas naciones habían estado presentes en el Golfo durante el siglo XVII, su rivalidad aumentó durante la década de 1700, lo que derivó en un monopolio británico casi total a principios del siglo XIX. Esto estableció los cimientos de la historia moderna de Catar.