Già nel 628 d.C., Mundhir bin Sawa Al Tamimi, il governatore cristiano della regione di Al Hasa, di cui faceva parte la penisola del Qatar, adottò la religione islamica. Di questo periodo sono stati identificati solo alcuni siti, il che suggerisce che all’epoca la penisola fosse scarsamente popolata. Durante il periodo Umayyad, tra il VII e la metà del VIII d.C., il Qatar divenne un centro di allevamento di cammelli e cavalli. Il regno degli Abbasidi (dall’VIII al XIII secolo d.C.) vide la crescita dell’industria perlifera lungo i ricchi banchi di perle presenti nelle acque della costa. Resti archeologici del tardo periodo Umayyad sono stati rinvenuti a Yoghbi, nella parte nordoccidentale del Paese, mentre a Murwab sono stati scoperti resti risalenti al periodo abbaside tra il IX e il X secolo d.C., comprendenti 250 abitazioni, due moschee e un palazzo fortificato. Oltre a Murwab, diversi siti del periodo abbaside sono stati identificati nell’entroterra a nord del Qatar.

Pochissime informazioni sono disponibili sulla storia della regione tra il X e il XV secolo d.C., ma pare che i principali centri di insediamento si trovassero sul lato iraniano del Golfo. In Qatar, due siti archeologici risalenti a questo periodo e situati a Ruwayda e Freyha, nella costa nordoccidentale, sono rimasti disabitati fino al XVIII secolo d.C.  

Nel 1497, nel suo viaggio che lo avrebbe condotto in India attraverso il Capo di Buona Speranza, l’esploratore portoghese Vasco da Gama stabilì una rotta marittima europea verso oriente. Ciò consentì agli europei di fondare per la prima volta delle basi commerciali permanenti nella regione del Golfo. Tra il XVI e la prima parte del XVII secolo, il territorio comprendente l’odierno Qatar fu oggetto di contesa tra ottomani, safavidi e portoghesi. Una delle prime mappe a includere il Qatar fu una versione del planisfero di Tolomeo (in mostra presso la Biblioteca Nazionale del Qatar) che descriveva ‘Catara’ come un forte. I viaggiatori portoghesi fecero riferimento al Qatar tra il 1580 e il 1590 ed è riportata una rappresentazione del Qatar come un singolo forte nell’Atlante di Lázaro Luís del 1596. I principali riferimenti al Qatar risalgono al periodo successivo al 1602, quando i safavidi strapparono il Bahrain ai portoghesi e questi ultimi utilizzarono il Qatar come base per le incursioni contro il Bahrain, nonché per l’imposizione di dazi ai mercanti in viaggio attraverso il Golfo.  Gli scavi a Ruwayda hanno riportato alla luce una fortificazione portoghese che potrebbe corrispondere a quella citata nelle fonti portoghesi.

Il primo riferimento ottomano al Qatar risale al 1555, quando il Paese era considerato parte della provincia ottomana di Al Hasa, occupata nella metà del XVI secolo. In questo periodo, portoghesi e ottomani erano divisi da una forte rivalità, principalmente dovuta alla contesa del Bahrein, occupato dai portoghesi tra il 1521 e il 1602.  Tuttavia, intorno al 1670, lo sceicco della tribù Banu Khalid cacciò gli ottomani da Al Hasa, di fatto eliminandone la presenza in Qatar.

In questa circostanza, il Qatar assistette alla nascita di diverse organizzazioni tribali, come i Bani Khalid, che dominavano una striscia di terra tra il Qatar e il Kuwait.  La tribù Al-Musslam rappresentava il gruppo predominante nella penisola almeno dal XVI secolo. Tra le tribù vissute nella regione prima del XVIII secolo c’erano gli Al-Naim o Al-Hawala, una confederazione tribale di marinai arabi provenienti dal lato iraniano del Golfo. Nel XVIII secolo, Kuwait, Qatar e Bahrain furono occupati da membri della confederazione tribale ‘Utub, che comprendeva diversi gruppi, come Al-Sabah, Al-Khalifa, Al-Fadhil e Al-Jalahimah. Benché gran parte dei gruppi di ‘Utub fossero originari dell’Arabia centrale, a un certo punto divennero popoli marinari, adottando le barche come principale mezzo di trasporto.

Si conoscono alcuni siti occupati nel XVII secolo, ma le testimonianze storiche e archeologiche della loro esistenza sono piuttosto scarse. Alla fine del XVIII secolo, un’ampia rete di insediamenti si estendeva in particolare lungo la costa settentrionale della penisola. Uno dei cambiamenti più significativi di questo periodo fu la virtuale scomparsa della popolazione portoghese, seguita dall’arrivo di mercanti olandesi, francesi e inglesi. Benché queste nazioni fossero presenti nel Golfo già dal XVII secolo, la rivalità crebbe durante il secolo successivo e portò al virtuale monopolio britannico all’inizio del XIX secolo. Questi avvenimenti costituiscono i fondamenti della storia moderna del Qatar.